Proč to dělá netuším, ale rád bych věděl info:
1. Dej sem info z mediainfo toho souboru, co ti nejde přehrát
2. spusť graphstudionext
http://code.google.com/p/graph-studio-next/downloads/list
v bitové verzi, podle toho, který wmp používáš, přetáhni do ni video a dej screen
3. udělej třeba minutovou ukázku toho videa (např. pomocí ffmpeg, copy audio i video, jen přemuxuj), pokud to dělá i u ni, uploadni, ať je na čem zkoušet, pokud nedělá, tak si to původní video přemuxuj (je vhodné, pokud bude přehráváno jen na pc nebo na něčem, co zvládne i mp4 nebo mkv kontejner, přemuxovat do mp4 nebo mkv).