jj, klonovat systém něčím, co běží z toho klonovaného systému nepovažuju za vhodné řešení. Klonování jsem vždycky dělal z nějakého live média - cd/usb.
Co jsem koukal, tak z free nástrojů si lidi chválí EaseUS Todo Backup Free a Macrium Reflect, ale zkušenost nemám ani s jedním. Kdysi jsem používal PowerQuest Drive Image, co běžel rovnou z CD, zálohu jsem dělal do nějakého image souboru, co se vytvářel na druhý oddíl.