Odpovím trochu zjednodušeně (nechce se mi tvořit slohovou práci ) WAV je kontejner, který typicky obsahuje nekomprimovaný LPCM záznam, který je zcela shodný např. s daty na CD, ale může samozřejmě obsahovat i data třeba v Hi-Res. FLAC pak vzniká bezztrátovou komprimací těchto dat. FLAC je typicky objemově poloviční (+- autobus) než WAV,pokud jde o shodná data. Proto se tedy obvykle používá FLAC, kvůli úspoře objemu dat.