IPv6 sa nastavuje v kazdom sietovom programe zvlast. Existuje IPv6 podpora v systeme, a existuje podpora IPv6 v aplikaciach. V konfiguraku pre app. sa to da nastavit.
Napr. v konfiguraku pre SSH je mozne urcit akym protokolom sa bude komunikovat. Ked sa to nastavi na IPv4, tak dotazy na DNS idu cez IPv4 A zaznam, inak chodia cez AAAA zaznam, pripadne to chodi cez obidva protokoly.