Mno, mapy.cz i Google apod. sice používají WGS-84 (konkrétně variantu EPSG:4326), ale vlastní zobrazení mapy je v systému Web Mercator (EPSG:3857) takže to není nijak jednoduché.
Souřadnice v prvně zmíněném systému totiž jsou v desetinných stupních a tudíž i výpočet vzdálenosti mezi body, není pythagorova věta, protože body jsou na oblouku (část geoidu).
JTSK, Mercator či UTM jsou přepočítané na plochu, takže se dá snadno počítat např. tu vzdálenost mezi body.
PS: GRASS pro začátečníka moc není vhodný, radši bych volil QGIS:
http://training.gismentors.eu/qgis-zacatecnik/