Nastavení se zpravidla ukládá, jak již bylo řečeno, do souboru wincmd.ini a ten bývá, opět zpravidla, umistěn do adresáře Windows.
Toto poněkud nešikovné (a přiznejme si to - hloupé) nastavení lze ale změnit a to parametrem při spouštění.
Dejme tomu, že máme instalaci Total Commanderu umístěnu v adresáři C:\TotalCmd. Potom příkaz ke spuštění (např. v zástupci) nejčastěji vypadá takto:
C:\TotalCmd\totalcmd.exe
nastavení se potom ukládá do zmíněného souboru C:\Windows\wincmd.ini. Pokud ale změníme příkaz na:
C:\TotalCmd\totalcmd.exe /i=.\Moje.ini
potom se nastavení ukládá do souboru Moje.ini do adresáře s instalací Total Commanderu - ať už je umístěna kdekoliv (samozřejmě, za Moje.ini lze dosadit libovolné jméno, např. ono wincmd.ini)