Je potřeba zmínit, že gMKVExtractGUI jsem zmínil já, já jsem tedy ten nejchytřejší! Kdybys lozil na mé stránky, tak bys to dávno věděl:
http://krakatoa.www3.cz/enkodovani/demux-remux-mux.php
... úplně dole. Ještě tam asi přidám návod jak na to přímo jen s pomocí mkvtoolnix.