No zkus pohledat někde v ~/.thunderbird jestli tam nejsou někde souřadnice po spuštění. Je tam něco na resetování defaultu, možná by to pomohlo, ale nezkoušel jsem. Možná je jen "mimo obrazovku". "zobrazování tý ikonky v horní liště pro linux" tak to nevím o čem mluvíš. Tam je standardně ikonka pošty a funguje jak pro Thunderbird tak pro další klienty.
PrasatkoPee