Každý jednotlivý uživatel (Chrome) by měl mít/používat svůj google účet. Pak se nemůže stát, že se záložky od různých uživatelů "smíchají".
Což se ve tvém případě stalo. Teď je z toho akorát bonako...
--------------------------------------------------------------------
Vyřešíš to tak, že si (pouze) svoje záložky zálohuješ do souboru, založíš úplně nový google účet který budeš používat pouze ty a svoje záložky do něj obnovíš.
--------------------------------
Ovšem nejúčinnější způsob jak uživatele "oddělit" je, aby měl každý uživatel na určitém PC svůj (windows) účet a pracoval výhradně z něj.
Pokud více lidí používá účet společný, nikdy nezabráníš tomu aby si někdo jiný spustil Chrome s tvým profilem (google účtem).