Z čeho usuzujetem že v Avidemuxu dojde k desynchronizaci audia a videa? Vzhledem k Vašemu dodatku "při přehrávání v prohlížeči na PC je vše OK" odhaduji, že si v Avidemuxu nastavíte audio a video výstup a pak dole kliknete na přehrát. Pokud se Vám při tomto živém náhledu rozjíždí zvuk, zřejmě Váš počítač jen nezvládne v dostatečné rychlosti vše překódovat pro zobrazení. Zkuste si takhle vystříhnout a překódovat třeba 5 minut a podívejte se na výsledné video. Hádám, že bude vše v pořádku...