Zkus SilverFast (pozor musí se koupit licence k danému skeneru), nebo VueScan. Jinak s "blikátky" v tiskárnách moc zkušeností nemám, používám je jen jako kopírky (mizerné LED světlo a malé rozlišení 300dpi top, specifikace lžou). U běžných skenerů, EPSON apod., se skenuje vybraná plocha na dané rozlišení, a pak si "kruh" můžeš oříznout v GIMPu nebo PS.
http://www.silverfast.com/
http://www.hamrick.com/
Teď jsem se pro jistotu podíval a ne, kruh si musíš vytvořit. Jen max. velikost a předdefinované standardizované formáty.