Pořád je to takový nejasný. Třeba, co si představit pod pojmem odpojit disk. Pro mě, jako linuxáka je to unmount.
Pokud chceš nešifrovaný NTFS a druhý oddíl šifrovaný, tak to řeš dualbootem. A pak Linux při instalaci zaklikneš šifrovat LVM a je vymalovaný.
Z Linuxu na NTFS přetáhneš a z NTFS pokud budeš něco potřebovat přetáhnout, tak stejně bude muset mít druhý oddíl rozšifrovaný a tím pádem mít nabootovaný Linux.