Máte zřejmě na mysli, aby nikdo nemohl vidět soubory na vzdáleném serveru, když se k němu posadí. To můžete klidně pořešit přístupovými právy v NTFS, kdy soubory vytvoříte jako nějaký uživatel a pak se jednoduše odhlásíte (nebo přihlásíte jako uživatel, který nemá přístup k inkriminovaným souborům. Pak už jen stačí nastavit účet, pod jakým bude k datům přistupovat FTP serverový program (služba IIS, nebo něco podobného) - pravděpodobně pod tím, pod kterým jste soubory vytvářel.
Možná by ale prostě stačilo vzdálené PC uzamknout a bez přihlášení nepůjde vidět nic. Jestli ale chcete na PC se soubory pro FTP i pracovat, použijte postup výše ...