Obnov systém z funkční zálohy. Jo ty sis ji nevytvořil?
Není to jenom o registrech. I když zvolíš instalaci na disk D, některé programy instalují nějaké součásti na C do adresáře Windows (dll knihovny, služby). Taky bude část konfigurací umístěna v tvém uživatelském profilu.
Jakmile začneš do nově nainstalovaných Windows kopírovat staré registry, tak si tam se slušnou pravděpodobností zavlečeš nějaké problémy - Windows přeinstalováváš možná právě kvůli chybám v registrech.