čauky,
sám s wordem nepracuju (preferuju libreoffice), ale viděl bych dvě možnosti:
a) ve wordu vložit ruční zalomení stránky nebo novou sekci, či jak se tomu říká - aby zůstalo formátování prvního dokumentu a vložilo se formátování druhého dokumentu
nebo
b) ponechat separátní dokumenty - každý s jiným vodoznakem, jak chceš, vyexportovat separátní pdf a následně spojit do jednoho pomocí softu PDFTK Builder Portable z portableapps.com nebo pomocí PDF Architect, co je nyní součástí PDF Creatoru - sám preferuju ten první soft
osobně bych to udělal postupem b) - bude s tím méně práce i méně nervů