Většina BD přehrávačů přehraje .mkv přímo z jakéhokoli média (usb flash, DVD, BD disky). Takže není nutno do "opravdové" BD struktury převádět.
Ale i tak je to možné např. pomocí TSMuxer (jako výst. zvolíš AVCHD). Vznikne složka kterou vypálíš v libovolném vypalovacím programu na disk. Velikost bude téměř shodná s původním souborem a ano, remux trvá krátce.