Takže jsem to zkusil a ten problém je trošku jinej.
ffmpeg to ořeže video tak jak je to uvedeno včetně audia.
Kvalitní přehravač jako mpc-hc nebo vlc jej přehrává tak, že audio spustí hned od začátku a video až od klíčového snímku, takže okamžik trvá, než naběhne i video.
Naproti tomu WMP jej přehrává tak, že audio spustí hned od začátku a video hned od klíčového snímku, takže se rozhodí audio - video o čas, kdy je první klíčový snímek.
Vyřešit se to dá tak, že si pomocí ffprobe vyjedeš klíčové snímky a střiháš to na klíčové snímky, popsáno je to třeba tu:
http://stackoverflow.com/questions/14005110/how-to-split-a-video-using-ffmpeg-so-that-each-chunk-starts-with-a-key-frame
