A proč se ji snažíš georeferencovat do jiného systému, než ve kterém je?
Nebo to myslíš tak, že si v QGISu sice nadefinuješ ty GCP body, ale nesedne to potom na mapu? Děláš to podle mapy, ne? Pokud ano, tak Křovák vs. Mercator není problém. Jaký máš nastavený typ transformace?
mrkni na tutoriál v češtině tu:
Georeferencování obrazových dat
http://training.gismentors.eu/qgis-pokrocily/georeferencovani/index.html