Pokjud se nepletu, tak o titulky se stará Perian, takže to možná rozhodila nějaká jeho aktualizace. Dřív jsem taky používal k převodu QT, ale kvůli tomu, jak velké soubory vytváří, jsem přešel na HandBrake. Překódování titulků řeším přes TextEdit - v Preferences jsem nastavil Opening Files na Central European (Win Latin 2). Pak stačí soubor s titulky otevřít, dát uložit jako, vybrat kódování UTF8 a výsledek použít v HB.
Je to sice o něco složitější než QT, ale funguje to spolehlivě a výsledný soubory jsou daleko menší, což se s 8GB iP hodi :)