Problém s tittulky v (nejen) Handbrake je mi známý. Jak v převaděči, tak v samotných titulcích musí být nastavené stejné kódování. České titulky jsou téměř vždy v Central European Windows Latin 2. Jenže v Handbrake toto kódování chybí. Musíš tedy změnit kódování samotných titulků, např. programem TextWrangler (free, Mac App Store) na ISO Latin 2 nebo UTF 8. Stejné potom vyber v HB a diakritika se bude zobrazovat správně.
V iVi nebo AirVideo tento problém odpadá, jelikož tam jde vybrat Wiindows Latin 2.
AirVideo je podle mě nejlepší volba, v iPadu/iPhonu vybereš convert a na macu (přes AirVideo Server) začne převádění. Nebo stream a okamžitě sleduješ. S titulky vůbec žádný problém. Tomu já říkám maximální pohodlnost.