Linux můžeš mít nainstalovaný na libovolném disku, ale zavaděč nainstaluj vždy na ten disk, kde je zavaděč Win. Toto se volí při instalaci, takže teď to máš blbě.
Dodatečně to jde upravit pomocí live linux (z terminálu) nebo utilitky EasyBcd nebo pomocí
BootRepairDisc (reinstall Grub).