Grafika záleží na tom, co bude dělat. Pokud by se na tom něco občas hrálo, sáhl bych alespoň po výprodejové GTX 750. Pokud ne, je to celkem jedno.
Vliv frekvencí a časování na výkon je prakticky nulový. Znát je to jen u AMD APU, kde pomalé RAM brzdí slušnou integrovanou grafiku (časování skoro vůbec, frekvence znát je). Ale to není tvůj případ.
Integrovaná grafika se hodí jako záloha. A pokud ti nejde o hry, tak stačí a vyjde to levněji. Nejlevnější "i7" s grafikou je E3-1246v3. Vzal bych ho raději, než 1231 V3 + GT 730. Ono to i vyjde levněji.
Noctua je bezpochyby lepší volba, je to obrovský chladič, který ochladí prakticky vše na nízké otáčky. Ale i ta Fera 2 bude při správném nastavení rozhodně tišší, než ty dva plotnové disky. Právě ty budou v PC dělat největší kravál.
Např. i jeden WDC Green, který má nižší otáčky a je tedy tišší, je hlučnější, než HE924 na i5 v zátěži.
V tichém PC je ideální mít jen SSD. HDD pak nejlépe našlapat do NASu a zavřít někam do komory.