Tak další den Správa počítače, Správa disku a potažmo celé Nástroje pro správu začali fungovat. Pro jistotu jsem zkusil kontrolu "sfc /scannow" a nějaké nesrovnalosti to našlo (a snad i opravilo), protože při dalším skenování už bylo všecko v pořádku. Ale některé věci to rozhodilo, co jsem si všiml, tak znefunkčnilo to Office 2013 (oprava byla na pár kliknutí), Lightroom 5 chtěl znova SN, zmizely z plochy a startu nějací zástupci.
Můj názor je, že problém nebyl v tom, že bych při promazávání toho disku smazal i něco na systémovém disku c:. V tom jsem si na 99% jist, protože kdysi se mi toto stalo, že mažu data na jiném disku a po nějaké době zjistím, že mažu data na disku c:, protože mě tam přenesl nějaký zástupce (někde v Documents and Settings apod.). A toto jsem si teď snažil pohlídat.
Myslím, že problém byl v tom, že ten disk byl připojený k PC přes SATA při bootování a na disku byl systém Win7 (takže měl aktivní primární zaváděcí oddíl) a po promazání si Win10 myslely, že jsem jim promazal nějaké věci. Myslím, že kdybych ten disk raději připojil až po nabootování přes USB dokovačku, tak tento problém by se možná nevyskytl.