Jo asi se můželišit. třeba podobnej problém jsem měl na osx vs win. Zformatovanej disk na windows byl na macu jen pro čtení ale naformátovanej disk macem byl čitelný na obou zařízeních. Při tom tam byl použitý stejný FS.
Pak kdo ví co ty windows při formatu všechno na ten disk zapíšou. Je to možná příčinou.