Mají ty dva disky stejné kabely na zapojení, že je chcete prohodit? Mrkněte se třeba na googlu, jak vypadá kabel SATA a jak IDE (PATA) kabel ať víme, jaké ty disky vůbec máte.
Pokud se v biosu disk nezobrazuje, tak zkontrolovat, jestli máte dobře zapojený jak datový tak napájecí kabel. Případně zapojit disk na jiný řadič (do jiné "zdířky").