Problém je dle všeho ten, že je poškozený File system na disku a windows se ho cyklicky stále snaží přečíst, proto to zpomalení. Odhaduju že je poškození fyzické, ale může to být i způsobeno odpojením disku při zápisu (chyba jen v MFT tabulce nebo tam někde, pak by ale měl fungovat formát disku na opravu). Doporučuji přečíst smart hodnoty v linuxu. Nebo zjistit zda se ukazuje kapacitu disku ve správci disků. Pokud ne, tak je to s diskem špatné a asi je poškozená servisní oblast HD ( stopa 0).