Používám tuhle starší verzi: https://mkvtoolnix.download/windows/releases/3.3.0/mkvtoolnix-unicode-3.3.0.7z
Rozbalíš, vybereš mkvmerge, po otevření okna přetáhneš MKV soubor. Zatrhneš pouze video a audio a dáš remux. Po pár sekundách máš nový soubor MKV pouze s videem a audiem. Mám mnohokrát vyzkoušeno.