1. No ale ten autoremove přece napřed vypíše co vše se bude odstraňovat a vyzve tě k odsouhlasení, už tady jsi udělal chybu...
2. Autoremove by nikdy nemělo nabídnout k odstranění balíky které jsou k něčemu potřeba, v opačném případě máš ten systém nabořený.
3. Takže se stejně reinstalaci nevyhneš. Máš aspoň oddíl /home zvlášť? Můžeš ho zachovat.
Proč si systém nezálohuješ? Ušetřil by sis zbytečné reinstalace při každém problému...