A nebylo by trošku více informací o tom jak jsou ty servery propojené?
Ale nejsnadněji třeba tak, že nic kopírovat nebudeš. Tj na serveru B nasdílíš složku, kam se ukládá to csvčko.
Na serveru A si namapuješ sítový disk (písmenko třeba bž nebo fň, to máš jedno) na tento server. A pak v tom php skriptu normálně použiješ cestu: bž:\mujCsvSoubor.csv