Také Acronis často používám na zálohu i klonování.
Myslím, že už to tu někdo zmínil...
V tvém případě by bylo mnohem lepší udělat kompletní zálohu PC do souboru .tib. Můžeš jí udělat buď z Windows (systém během toho rebootne), nebo po bootu z CD. Umí pracovat s USB diskama či flashkama, či jde zálohovat na jinou partition. Nic se nemaže, jen se ti uloží soubor se zálohou.
To co děláš ty, není vhodné pro zálohu, ale např. při přechodu na větší disk, novější disk.