Zkus se podívat do: C:\Users\jmeno-profilu\AppData\Local\Google\Chrome\User Data\Default\Bookmarks (skrytá složka)
Jinak ideální je, mít Chrome přihlášený ke svému google účtu, záložky se ti zálohují na server a pak když třeba přeinstaluješ systém nebo jen Chrome, tak po opětovném přihlášení ke google účtu se ti znovu natáhnou. A synchronizují se i do Chrome ve smartphone, pokud tam dáš stejný google účet.