Otázka je hrozně obecná.
Jestli chcete sbalit víc souborů do jednoho, tak TAR.
Jestli chcete celou tu věc bezztrátově zkomprimovat, doporučuju 7zip.
Jestli chcete použít ztátovou kompresi, je dobré znát charakter dat, k čemu jsou určena, a ja budou interpretována.