Musíš si ujasnit, v jakém modu tvoje aplikace pojede a jak dlouho to stačí, aby baterie vydržela.
Pokud chceš supernízkou spotřebu, pak musíš udělat několik opatření: použít arduino bez USB rozhraní (třeba mini pro), odpájet ledky, odstranit LDO a v programu hluboce uspávat, probouzet jen na velmi krátkou dobu. Obdobne musíš upravit i všechny periferie. Návodů najdeš mraky:
http://www.home-automation-community.com/arduino-low-power-how-to-run-atmega328p-for-a-year-on-coin-cell-battery/