V tom operačním systému ve VPS budeš mít root práva jen ty,ne? Tak jak by ti tam někdo mohl zakládat hostingy? Musíš to dobře zabezpečit a nastavit, aby ti ty root práva nemohl někdo převzít. Jestli se bojíš, že ti do webu někdo bude vkládat něco co nechceš, tak to musíš ošetřit tak, aby to nešlo. Kontrolovat data z formulářů před zpracováním. Mít ošetřené databázové dotazy, kontrolovat diskuze apd. (nevím co budeš mít za web).A pokud k průniku skutečně dojde, tak to budeš muset řešit manuálně. Občas ten server kontrolovat jestli je vše OK, dělat aktualizace a hlavně mít zálohu.