Nemáte čistě náhodou zapnutou "antivirovou" ochranu v BIOSu? Pokud ano, pak bych ve vaší situaci udělal buď úplný reinstall (nejjednodušší, pokud s GNU/Linuxem začínáte) nebo nabootoval nějakou live distribuci a pomocí chrootu bych zavaděč nainstaloval ručně.