Tak už jsem si vzpoměl. Jeden z nejlepších programů na vyhledávání duplicit: http://www.digitalvolcano.co.uk/duplicatecleaner.html (stačí free verze, je "osekaná" jen málo)
V nastavení si dokonce můžeš vybrat jak se budou kontrolní součty kalkulovat (MD5, SHA1....)