Kristova noho, to je zase snůška nesmyslů... Neplatný záznam v registru po odebraném programu vůbec ničemu nevadí, je to prostě jen pár bitů informace navíc, kterou systém jednoduše ignoruje. Zdržení startu Windows je asi tak 1ms. Mazat cokoliv v registrech nemá žádný smysl. Samozřejmě nemluvím o mazání záznamů spouštějících nějaký malware, ale to je sofistikovaná ruční práce, ne nic pro CCleaner. A správa spouštěných aplikací je velmi jednoduchá přes msconfig.