Je krajně nepravděpodobné, že by to souviselo s Bitlockerem. Pachatele bych hledal spíš v tom programu, který jsi použil pro přesouvání dat. Jak to mohlo vzniknout? Třeba tak, že některé adresáře ve skutečnosti nebyly adresáře, ale jen junctions, které se standardně kopírují tak, že se zkopíruje jen junction, ale ne její obsah. Možností je spousta.
Příště, až bude dělat takovéhle operace, tak bych ti doporučil si přinejmenším porovnat seznam souborů před a po (klidně i jen výstupy příkazu DIR, porovnané pomocí WinMerge), pokud už nechceš dělat důkladné porovnání podle obsahu ( http://www.pepak.net/download/verify-overovani-integrity-souboru/ ).