Ano, určitě je to tím.
Windows nastavuje hodiny počítače na localtime (přesný čas v časové zóně kde se nacházíš)
Oproti tomu Linux (podle mě mnohem lepší řešení) do BIOSu ukládá UTC (univerzální čac, vůči kterému jsme posunuti +1) a místní čas přepočítává podle nastavené časové zóny v operačním systému.
Pokud chceš provozovat oba systémy najednou a nechceš po každém restartu přehazovat čas, je možné přepnout Linux na localtime, nebo Windows na UTC.