Řešení bylo v najití složky s výchozí šablonou (najít tu správnou cestu je docela porod, protože složek se šablonami je několik). Do ní se dostanete pomocí Win+R a vložení následujícího řádku:
%AppData%\Microsoft\Excel\XLSTART
Tam se nachází výchozí šablona prázdného dokumentu. Hledaný soubor ~$Sešit.xltx se tam nacházel taky a měl velikost 0 kB. Stačilo ho smazat, protože Sešit.xltx tam stále byl v dobré kondici a od teď je znovu používán - pro to nebylo třeba dělat (krom smazání ~$Sešit.xltx) nic dalšího.