hele,
ono je to takhle. Většina lidí totiž provádí odemčení bootloaderu a případné flashování nové ROM (alternativní CM apod.).
A dokud je bootloader zamčený, tak jde sice naflashovat jen oficiální rom, ale taky to znamená, že když se něco nepovede, tak to jde vždy obnovit přes dodaný software nebo naflashovat znovu.
Pokud ale bootloader z toho či onoho důvodu odemkneš (pro root není nutné) a při flashování se to podělá, tak se může porušit i bootloader a z telefonu je absolutně nereagující cihla (proto se tomu říká "bricknout telefon"), kterou ti daj dohromady jen v servisu a je to složitější.
Mně osobně dělal root kámoš přes Doomlord ZergRush - je to přes příkazovou řádku - a zcela v pohodě. Zkoušel totéž s jiným telefonem a tam neuspěl, nicméně telefonu se samozřejmě nic nestalo.
Zaregistruj se tu:
http://androidforum.cz/
tam ti poradí nejlépe 
