Superpočítač Summit, který vévodí aktuálnímu žebříčku 500 nejvýkonnějších počítačů, se zapojil do boje proti onemocnění COVID-19. Konkrétně se podílí na výzkumu sloučenin existujících léčiv a jeho cílem je pomoci při hledání léku na nemoc, jejíž epidemie zasáhla prakticky celý svět.
Stroj, který postavila společnost IBM, se nachází v prostorách Oak Ridge National Laboratory (ORNL). Jeho dosavadním úkolem bylo řešit výpočetně náročné úlohy v oblasti energie, původu vesmíru, pokročilých materiálů, lidského zdraví a umělé inteligence.
Rapidní zrychlení výzkumných simulací
Vědci, zabývající se hledáním léku, dostali přidělený výpočetní čas. Díky výkonu stroje dosahujícího až 200 petaFLOPS (tj. počet operací s pohyblivou řádovou čárkou) mohou nyní provádět potřebné simulace dosud nemyslitelnou rychlostí. Konkrétně místo několika měsíců probíhají výpočty jeden až dva dny.
V rámci této práce vědci identifikovali 77 nízkomolekulárních sloučenin, o nichž ORNL tvrdí, že by měly být podrobeny dalšímu studiu. Předpokládají, že by mohly pomoci v boji proti koronaviru SARS-CoV-2, jež je zodpovědný za propuknutí choroby COVID-19.
Celkem superpočítač simuloval působení více než osmi tisíc sloučenin. Jeho úkolem bylo najít ty, které se nejpravděpodobněji vážou na hlavní protein koronaviru, což by mu znemožnilo infikovat hostitelské buňky. Výsledkem této snahy by mělo být nalezení léku na COVID-19, o což se vědci snaží již několik měsíců.
Najde lék na COVID-19?
„Výsledky neznamenají, že jsme našli lék na koronavirus. Přesto doufáme, že budou sloužit jako základ pro budoucí výzkum vedoucí k jeho nalezení. Teprve následně zjistíme, zda některá ze sloučenin má vlastnosti nezbytné k ukončení epidemie,“ řekl Jeremy Smith, ředitel Centra molekulární biofyziky ORNL.
Výzkumník Micholas Smith z University of Tennessee sestavil model proteinu koronaviru, který následně použil k provádění simulací dynamiky molekul a analýzu pohybu atomů a částic v proteinu. Zjednodušeně řečeno zkoušel různé sloučeniny, aby zjistil, zda některá z nich dokáže zabránit tomu, aby se virus „přilepil“ na lidské buňky.
Na základě zjištěných výsledků by měly následně proběhnout studie, které potvrdí nebo vyvrátí skutečný vliv jednotlivých sloučenin na koronavirus. Zbývá jen podotknout, že výkon superpočítače IBM Summit byl vědcům poskytnut zcela zdarma.
Koronavirus online
