DicomWorks: vše pro práci s medicínskými obrazy DICOM

Program umožní prohlížet a analyzovat medicínské DICOM obrazy a nabízí bohaté možnosti exportu.

Medicínská obrazová data z různých zobrazovacích metod, např. ultrazvuku, CT, nukleární magnetické rezonance, apod., používají standardizovaný formát DICOM. Potřebujete-li taková data zobrazit a pracovat s nimi, je vhodné použít také speciální program. Jedním z takových programů je DicomWorks, který sází na jednoduché rozhraní a je zdarma, byť musíme "strpět" úvodní obrazovku nag screen. To však nijak neomezuje použití. Disponuje funkcemi pro analýzu obrazu pro praktickou diagnostiku, což je pilířem použití programu. Umí také snímky exportovat do běžných formátů obrázků či videa.

Patrně jste již někdy viděli nějaké lékařské obrázky, například snímek z rentgenu, ultrazvuku či třeba CT. Všechna tato data se dnes zpracovávají pomocí výkonné výpočetní techniky. Jako například RAW či JPEG je prakticky standardem digitální fotografie, tyto obrázky mají svůj standardní formát DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) a je celosvětovým standardem k zobrazování, ukládání a sdílení těchto obrazů. Tato data nejsou jen obraz, ale obsahují další informace o pacientovi, vyšetření, vlastnostech obrazu, atd. Tato metadata lze přirovnat k EXIF datům. DICOM je standardizovaný a tak například lékař z Austrálie vidí stejný snímek jako český lékař a nemá problém jej zobrazit, tudíž kompatibilita je zaručena.

K DICOM obrazům se sice běžně nedostaneme, avšak spousta ukázkových DICOM souborů lze nalézt například zde. Lékař Vám však může dát Vaše vlastní snímky domů a díky DicomWorks si je můžete prohlédnout.

Pracuje pouze s DICOM, běžné grafické formáty neotevře

Načítá jakékoli DICOM soubory. Můžeme zobrazovat obrazy z počítačové tomografie (CT), magnetické rezonance, rentgenu, sonografické obrazy (ultrazvuk) a jiné typy medicínských obrazů. Poradí si také s animovanými obrazy, kde se například pozoruje průtok cév či jiné pohyby. Nejčastější je přípona DCM, bez problému načítá i soubory DIC (pozor na shodu s DIC slovníkem ve Wordu), archivy DMZ či soubory bez přípony, jsou-li správně kódovány. S běžnými bitmapovými obrazy (JPEG, apod.) si neporadí, nabízí však export.

DicomWorks umí načíst nejen jednotlivé DICOM soubory, ale také celou složku s DICOM obrazy a jednotlivé soubory pak procházíte ve stromu. Disponuje mnoha funkcemi pro měření vzdálenosti, definici ROI, zoom, statistika obrazu a samozřejmě čtení metadat.

Klepněte pro větší obrázek
Příklad načteného obrazu z MRI mozku v DicomWorks. Možno načíst celou složku souborů.

Také je možnost rozdělení plochy a zobrazení až čtyř obrazů. To se hodí pro srovnávání a zobrazení různých pohledů zároveň.

Klepněte pro větší obrázek
Zobrazení několika obrazů najednou se hodí pro různé pohledy či řezy

 Analyzujeme a měříme

Velká část medicínských dat je ve škále šedi a tak jsou pixely reprezentovány hodnotou intenzity dle hustoty (denzity) dané tkáně. V DicomWorks lze plynule měnit jas i kontrast obrazu pomocí myši táhnutím v obraze vlevo/vpravo, resp. nahoru/dolů. To se hodí, chceme-li lépe vidět určité struktury. Lze též použít tzv. auto-levels funkci, automatické nastavení kontrastu dle obrazu. Obvykle však tato funkce to s obrazem „přežene“ a obraz je příliš kontrastní.

Klepněte pro větší obrázek
Použití automatického jasu může znehodnotit obraz nebo naopak zobrazit potřebné detaily struktur

DicomWorks poskytuje nástroje pro analýzu a měření. Předpokladem pro použití většiny těchto funkcí je, že je obraz správně kalibrován, tedy je dána skutečná velikost pixelu na milimetry. Díky tomu pak můžeme měřit v obraze vzdálenosti, úhly, plochu, obsah ROI, apod. To pomáhá lékařům v praktické diagnostice. Tyto funkce jsou pilířem analýzy dat a hodnocení nálezů.

Klepněte pro větší obrázek
Paleta nástrojů pro analýzu skrývá měření plochy vzdálenosti a úhlů, definice oblasti zájmu ROI, anotace a další možnosti

Použití těchto nástrojů je základem zpracování medicínských obrazových dat. Lékař potřebuje znát plochu vyšetřovaných defektů, vzdálenosti, atd. V nabídce Display nalezneme také možnosti zobrazení (užitečná je zejména možnost Real pixels size pro zobrazení dle skutečné velikosti pixelu). Dále zde najdeme celou řadu obrazových filtrů.

Klepněte pro větší obrázek
Nechybí ani řada pokročilých obrazových filtrů

Anonymizujeme obrazy vymazáním DICOM metadat

Jak jsme řekli, DICOM metadata ukrývají spoustu pro lékaře cenných informací. Někdy jsou zde však přímo údaje o pacientovi. To může být často nežádoucí a proto DicomWorks umí vybraná data vymazat. Metadata jsou dostupná pod tlačítkem DICOM tags. Máme k dispozici Simple editor (základní data) a Detailed editor (všechna data). Anonymizovat obraz lze snadno označením políček a stiskem Anonymize these tags.

Klepněte pro větší obrázek
Citlivá metadata DICOM lze snadno vymazat

Exportujeme DICOM do běžných formátů, do videa nebo HTML

DicomWorks sice jiné formáty nenačítá, má však bohatou nabídku exportu dat. Občas je třeba obrazy exportovat do formátu „pro běžného smrtelníka“. Obrazy lze exportovat do různých formátů, včetně videa, HTML, PDF či PSD.

Klepněte pro větší obrázek
Možnosti exportu jsou bohaté jak na formáty, tak možnostmi, kam exportovat. Stačí zvolit jaké snímky, do jakého formátu a kam.

Možnost AVI sekvence je zajímavá – vytvoří z vybraných obrazů video, kde jdou jednotlivé snímky po sobě. Vhodné pro prezentace stejně jako HTML stránka s náhledy.

Výkonný nástroj pro DICOM zdarma

DicomWorks je šikovným programem pro zobrazování a analýzu medicínských obrazových dat ve formátu DICOM. Zvládá to, co bychom od takového programu čekali. Osloví bohatými možnostmi pro analýzu, včetně filtrací a širokými možnostmi exportu dat. Dříve byla na webu programu ke stažení česká lokalizace, avšak ta nyní není bohužel k dispozici. U neregistrované neplacené verze musíme při spuštění čekat deset sekund a zobrazí se tzv. nag screen. DicomWorks neumí pokročilé funkce v 3D obrazech jako je voxel rendering, apod.

Klepněte pro větší obrázek
Registrace je zcela zdarma a odemkne některé další funkce programu. Ty ukazuje nag screen.

Programů pro zobrazování DICOM dat a jejich analýzu je mnoho, napířklad Sante DICOM Viewer či MicroDicom. K ilustračním obrázkům programu byly použity snímky z výše uvedeného zdroje ukázkových souborů.
 

Témata článku: Software, Medicína, Anotace, Rezonance, Voxel, Zobrazování, Export, Pokročilý editor, HTML stránka, Apod, Jednotlivý snímek, Metadata, Základní data, Video Editor, Obraz, Vzdálenost, Skutečná velikost, Běžný bit, Vybraný formát, Užitečný filtr, Defekt, Pokročilý nástroj, Medicine, Céva, Pokročilý filtr

3 komentáře

Nejnovější komentáře

  • akira.uzai 19. 8. 2013 7:41:12
    Už vidím, jak nějaká laborka bez toho aby dostala papír s pěti razítky...
Určitě si přečtěte

CCleaner obsahuje softwarovou havěť! Tvůrcům se do kódu dostali hackeři

CCleaner obsahuje softwarovou havěť! Tvůrcům se do kódu dostali hackeři

** Masově oblíbený program pro softwarovou očistu Windows ovládli hackeři ** Narušení se podařilo zavčas odhalit, unikla jen data o počítačích uživatelů ** Je paradoxní, že CCleaner byl slabě zabezpečen, když jej letos koupil Avast

18.  9.  2017 | David Polesný | 45

Země se jenom o vlásek vyhnula věčnému zmrznutí

Země se jenom o vlásek vyhnula věčnému zmrznutí

** Země po většinu doby své existence zmrzlá rozhodně nebyla ** Podle nového výzkumu tomu však unikla jen o vlásek ** Kdyby totiž byla jenom o 15 procent dále od Slunce, tak by prý kompletně celá zamrzla

Včera | Stanislav Mihulka | 9

Noční strana Venuše vydala další tajemství

Noční strana Venuše vydala další tajemství

18.  9.  2017 | Jiří Černý

Jak tankují bombardéry: Z létající benzinky šest kilometrů nad Českem

Jak tankují bombardéry: Z létající benzinky šest kilometrů nad Českem

** Bombardéry tankují z létající benzinky Boeing KC-135 Stratotanker ** Tu americké letectvo pro doplňování paliva jiných letounů ve vzduchu využívá už více jak půlstoletí ** Tankování probíhá přes speciální výsuvné čerpací rameno na zádi

17.  9.  2017 | Natoaktual.cz


Aktuální číslo časopisu Computer

Vyplatí se ještě těžit kryptoměny?

Velký test studentských notebooků

Test pěti levných soundbarů

Nejlepší chytré hodinky