Nejsem programátor, ale pokud se vzpomínám, best practice je v případě, že hrozí přetečení proměnné, zvolit pro ni dvojnásobný datový typ. 64 oproti 32 bitům je přesně tenhle případ. To prostě spolehlivě stačí.
U takových systémů jako je GPS, kde se počítá každý bit, chápu, že má smysl rozšířit to na nejnižší ještě snesitelnou hodnotu. Těch 13 bitů je podle mě OK, v nejhorším budete muset po zapnutí zařízení vždy zadat aktuální století. To se v hlavě dá udržet Vámi navrhovaný systém s plovoucí nulou se mi zdá primárně velmi komplikovaný, navíc špatně synchronizovatelný. Například pokud budu sahat do archivů s podepsanými certifikáty, jak budu vědět, do které epochy ten timestamp patří?
Jinak nechci poučovat, jistě to víte, takže jen pro doplnění; když proměnná přeteče, neznamená to jen, že začne od začátku, ale také že se vám v paměti změní bit, který nepatří té proměnné (zato může patřit někam úplně jinam). Podle mě to spíš řeší vyšší programovací jazyky (např. javascript), které takové věci jako přetečení vůbec neznají, protože přetypovávají do nekonečna.