Ne. Používám FAT32 oddíl už více než rok z Linuxu pro data, která chci mít dostupná z Windows i pro zápis a nikdy jsem s tím problém neměl(*). Například mám na FAT32 datové soubory pro Mozillu (maily, newsy, adresář) a z ~/.mozilla/ je mám nasymlinkované, takže mám pod Win i pod Linuxem v Mozille to samé. Z Windows jsem to už párkrát použil a Linux používám denně několik hodin a na problém jsem nenarazil. Pomalejšího přístupu jsem si nevšimnul, ale nenapadlo mě dělat nějaké měření.
(*) Když pominu to, že nesmíš uspat jeden OS na disk, nabootovat druhý, z něj na ten oddíl zapisovat) a pak nabootovat ten první (takhle jsem si párkrát poškodil soubory, než mi došlo kde je problém.