V linuxu máš větší volbu FS, každý FS se nehodí na všechno, takže na boot oddíl můžeš mít jiný, na systém jiný, na uložiště s miliony souborů jiný atd. a každý je optimalizován na to svoje.
Můžeš využívat snapshotů aj. featurek, fragmentace souborů je značně omezena a pokud člověk nevyplýtvá celou kapacitu FS, tak se FS stará o inteligentní ukládání dat, čímž se snaží minimalizovat fragmentaci.
NTFS v novějších verzích (Win7) by si s tím už do jisté míry také mělo poradit, aspoň myslím.
Také si myslím, že NTFS není vůbec špatný, ba naopak, celkem se povedl a MS ho pravidelně vylepšuje.
Zdar Max