Jednak tam máš zálohu původních souborů pro případný uninstall SP2, jednak potřebné instalační soubory SP2 pro případy, až to bude chtít instalační CD, protože na CD, ze kterého jsi instaloval Windows, nejsou.
Až si budeš jistý, že nebudeš odinstalovávat, můžeš smazat Windows\$NtServicePackUninstall$.
Až si uděláš instalační CD s integrovaným SP2, můžeš smazat Windows\ServicePackFiles. Je pak vhodné do hodnoty HKLM/Software/Microsoft/Windows/Setup/ServicePackSourcePath zadat cestu do kořenového adresáře CD mechaniky.