AFAIK je to takhle:
Android aplikace používají Javu (tj. jazyk, který umožňuje stejné aplikaci běžet na různých procesorových architekturách), API je všude téměř stejné.
Windows aplikace (resp. jejich drtivá většina) jsou kompilovány pro určitou architekturu. Nehledě na to, že u Windows RT můžete instalovat aplikace jen ze store, není zde podpora Win32, atd.