Qubes OS používá prostředí XFCE. Netradiční součástí, která zaujme na první pohled, je Qubes VM Manager. V něm lze spatřit všechny běžící virtualizované domény, jejich šablony a informace o hypervizoru Xen. Každá šablona stojí na běžném systému (Fedora, Debian), a pokud vyjde nová verze, odtud se také aktualizuje.