Svým způsobem může být zarážející, jak chce Messenger detekovat nežádoucí jednání, když jsou zprávy v jeho síti šifrovány end-to-end šifrováním. Facebook navrhl bezpečnostní funkce tak, aby fungovaly i s tímto zabezpečením a poznamenává, že se technologie strojového učení zaměřuje spíše na celkové chování uživatelů než na obsah jejich zpráv.